W 1938 po zakończeniu nauki w gimnazjum Karol Wojtyła otrzymał świadectwo maturalne z oceną celującą, która umożliwiała podjęcie studiów na większości uczelni bez egzaminów wstępnych. Jego wyborem były studia polonistyczne na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego.

W czasie pierwszego roku studiów wraz z ojcem młody Wojtyła przeprowadził się do Krakowa, do domu rodzinnego matki. Brał udział w meczach Cracovi, pozostając wciąż wiernym swojej pasji, jaką była piłka nożna. Odnalazł w sobie również zapał do tworzenia poezji. W lutym 1940 poznał Jana Tyranowskiego, który prowadził dla młodzieży męskiej koło wiedzy religijnej.

W 1941 roku w wyniku długiej choroby umiera ojciec Karola. W 1942 i 1943, jako reprezentant krakowskiej społeczności akademickiej, udawał się do Częstochowy, by odnowić Śluby Jasnogórskie.

W wyniku wybuchu Wojny został zmuszony do przerwania nauki i podjęcia fizycznej pracy w zakładach chemicznych. Początkowo od jesieni 1940 przez rok w kamieniołomie w Zakrzówku, a potem w oczyszczalni wody w Borku Fałęckim. W tym okresie Wojtyła związał się z Unią.

W 1941 Karol Wojtyła wraz z przyjaciółmi zakłada Teatr Rapsodyczny,a w listopadzie tego samego roku wystawiają swoje pierwsze przedstawienie. Niestety w 1942 nastąpiło jego pożegnanie z teatrem, ponieważ postanowił wstąpić do tajnego seminarium duchownego i podjąć tam studia teologiczne. Od 1945 przez rok podjął pracę na uczelni jako asystent, prowadził seminaria z historii dogmatu.

Okres ten stał się również okresem rozwoju literackiego przyszłego papieża. Tworzył poezję metafizyczną.